Lorsque Superman a réussi à neutraliser un des missiles de Lex Luthor, il l'a envoyé dans l'espace. Mais ce missile va accidentellement libérer trois Kryptoniens retenus dans une plate-forme d'exil : le Général Zod, Ursa et Non.

Lois Lane veut prouver que Clark Kent est Superman en lui tirant dessus avec un revolver.  Mais Superman est parvenu à annihiler ses propres pouvoirs, devenant  pour de bon un être humain normal. Mais il doit à tout prix les  récupérer. Clark se rend donc dans sa Forteresse de la Solitude, délabrée, pour contacter son père, Jor-El. Il parvient à faire réapparaitre l'hologramme à intelligence artificielle de son père. Sitôt réapparu, Jor-El affirme  qu'il s'attendait à ce que Clark regrette son choix de perdre des  pouvoirs. Jor-El ajoute qu'il peut cependant les restaurer, mais au prix  de tout son propre savoir mis dans le cristal. Superman ne pourra donc  plus jamais revoir son père biologique. L'hologramme infuse son énergie  en Clark, lui permettant ainsi de redevenir Superman.

Durant le duel kryptonien en plein Metropolis, Zod frappe Superman en plein vol, l'envoyant s'écraser contre le flambeau de la statue de la Liberté. Après avoir éliminé les Kryptoniens, Superman et Lois se prennent dans les bras et s'embrassent.

Superman détruit la Forteresse de la Solitude en disant une  dernière fois adieu à son père. Pour éviter que Lois Lane ne révèle un  jour sa véritable identité, Superman change le cours de l'histoire en  faisant tourner la Terre en sens inverse, supprimant de cette manière  tous les événements produits par Zod et les Kryptoniens.